Pokémon Masters - L'organisation maléfique
L'organisation maléfique est le deuxième scénario de Pokémon Masters EX. Ce scénario raconte les opérations secrètes d'une organisation maléfique venue à Passio après la fin du WPM.
| Image | Nom français | Nom anglais |
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 | Kanto : Le plan de la Team Rocket | Kanto: Team Rocket Returns |
 | Kyrill : La voie à suivre | Paulo Interlude: The Path Forward |
 | Sinnoh : Le sombre cauchemar | Sinnoh: Dreaming in Darkness |