Dans Légendes Pokémon : Arceus, vous avez la possibilité de capturer le Pokémon Légendaire Manaphy pendant l'aventure principale et avoir obtenu la quête secondaire « La légende des mer ». Pour réussir la quête, vous devrez donc avoir Mustébouée, Babimanta et Qwilpik). Une fois ces pré requis faits, rendez vous à la Côte Lazuli, près de la grande arche située près de la Main de Sable au coucher du soleil, en veillant d'avoir dans votre équipe les 3 Pokémon ci-dessus. Dès que vous passerez l'arche, vous aurez le bruit de Manaphy qui retentira. Une fois fait, vous devrez vous diriger vers une caverne située au Creux du Cap, où une fois dedans, vous apercevrez Manaphy accompagné de 3 Phione. Chaque Pokémon aura un bouclier, vous devrez donc le briser à l'aide de boules de boue.