Dans Pokémon Stadium 2, il existe un endroit appelé la Citadelle des Champions d'Arène où vous avez la possibilité de défier les différents Champions d'Arène de la région de Johto et Kanto. Chaque Champion d'Arène est en moyenne accompagné de 2 dresseurs. Pour accéder au prochain Champion d'Arène, vous devrez avoir battu le précédent. Deux niveaux de difficulté sont disponibles. Sixième Championne d'Arène de Kanto à défier, Morgane de Safrania.
Vous devrez choisir 3 Pokémon à envoyer au combat, Pokémon que vous pourrez sélectionner en voyant l'équipe adverse.
Les Pokémon doivent être au minimum au niveau 50
Tous les Pokémon sont autorisés
Deux Pokémon ne peuvent être endormis ou gelés à la fois
Si votre dernier Pokémon est sacrifié en utilisant des attaques comme Destruction ou Explosion, vous perdez le match
Si vous parvenez à battre l'adversaire sans mettre aucun Pokémon de votre équipe K.O, un joker (vous permettant de rejouer le prochain match si vous le perdez) vous sera attribué
