Pokémon Puzzle Challenge - Le mode Puzzle

Dans Pokémon Puzzle Challenge, il existe un mode appelé mode Puzzle, qui consiste à compléter plusieurs puzzles, composés chacun de blocs variés dont vous devrez vous débarrasser. Il y au total 60 puzzles à compléter, vous aurez la possibilité d'obtenir pour cela des indices dispensés par le Professeur Chen (3 au total à l'aide de la touche Sélect) et même revenir sur vos actions à l'aide de la touche B.